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专业化学。爱好文学。同时还喜欢美术、摄影、哲学、经济学、新闻传播学和计算机。目前乐器小提琴,最想学的乐器是钢琴。对ACG有爱。

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Amber11和AmberTools 1.4的安装(GNU/MKL/OPENMPI/MPICH2)  

2011-01-06 16:11:00|  分类: Computer |  标签: |举报 |字号 订阅

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这篇东西已经写了很久了,发在了分子模拟论坛上(链接)。今天翻出来发现忘了发这儿了,于是备份一个,顺便更新了一点内容。
============================================

本次安装的系统为Ubuntu 9.10/10.04TLS 64位版本,假设所有的编译器和MKL已经装好,环境变量已经设置好(GNUINTEL系列,编译器及MKL的安装及设置请参看之前的《在Ubuntu上安装Amber10》《在Ubuntu上安装Amber10(2)》)。
本次安装需要用到以下文件:
Amber11
AmberTools 1.4Amber11需要购买,AmberTools可以到这里下载)
Amber11.tar.bz2
AmberTools-1.4.tar.bz2
bugfix.all
for AmberTools 1.4,为了方便,改名为bugfix.all.at

bugfix.all & apply_bugfix.xfor Amber11
英特尔数学内核库MKL(点击这里进入下载页面)
l_mkl_p_10.2.4.032.tar.gz
OPENMPI
并行器(点击这里进入下载页面)
openmpi-1.4.1.tar.bz2

假设以上文件均位于/usr/local文件夹内,下面开始安装。安装使用的编译器为GNU系列(gcc/gfortran),并行器为openmpi 1.4.1版本,MKL10.2.4.032版。
1. tar xvfj AmberTools-1.4.tar.bz2
2. tar xvfj Amber11.tar.bz2
3. cp bugfix.all bugfix.all.at apply_bugfix.x ./amber11
接下来我们回到用户的根目录,编辑.bashrc文件
4. cd
5. vi .bashrc
6.
在文件最后添加如下代码并保存:
#Amber
export AMBERHOME=/usr/local/amber11
export PATH=$PATH:/usr/local/amber11/exe
7. source .bashrc
8. cd /usr/local/amber11
9. chmod 700 apply_bugfix.x ; ./apply_bugfix.x bugfix.all ; patch -p0 -N < bugfix.all.at
10. cd AmberTools/src
11. ./configure gnu
12. make install
AmberTools 1.4
串行版安装完成
13. cd ../test
14. make test
测试通过
15. cd $AMBERHOME/src
16. make serial
Amber11
串行版安装完成
17. cd ../test
18. make test
测试通过
19. cd $AMBERHOME/AmberTools/src
20.
openmpi-1.4.1.tar.bz2复制到该文件夹下
21. tar xfv openmpi-1.4.1.tar.bz2
22. ./configure_openmpi gnu
OPENMPI
并行器安装完毕
设置环境变量
23. export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
24. export PATH=$AMBERHOME/AmberTools/exe:$PATH
25. export LD_LIBRARY_PATH=$AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH
26. ./configure -mpi gnu
27. cd ../../src
28. make clean
29. make parallel
Amber11
并行版安装完毕
30. cd ../test
31. export DO_PARALLEL=’mpirun -np 2’
32. make test.parallel
测试通过


*
1configure_openmpi所支持的OPENMPI版本为1.41.4.1
*
2MKL这次支持10.011.0系列版本。如果使用的是9.0系列或更早的版本,在configure的时候需要加上-oldmkl参数
*
3:并行器的参数进行了简化,不管用什么并行器,参数均为-mpi(前提是设置好环境变量)
*
4intel编译器还未测试,Cuda加速还未测试(手头没有好显卡)
*
5Ubuntu下使用apt-get方法安装了mpich2的朋友,环境变量可以设置如下
export MPI_HOME=/usr
export PATH=/usr/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:$ LD_LIBRARY_PATH
之后再使用-mpi参数,即可使用mpich2来编译并行版本了

*6:最初写这个的时候,Amber11安装包里面还没有MMPBSA.py.MPI。如果购买的比较早的朋友,可以去这里下载并参考其说明进行安装和测试。

*注7:给出一份新安装系统的傻瓜式配置(Ubuntu 10.04 x64),MKL为默认路径安装,Amber11目录在/usr/local/software/下

sudo su

apt-get install g++ flex fort77 gfortran bison csh mpich2 vim patch

vi /etc/bash.bashrc

在结尾加上

#amber11
export AMBERHOME=/usr/local/software/amber11
export PATH=/usr/local/software/amber11/exe:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t:$LD_LIBRARY_PATH
export MKL_HOME=/opt/intel/mkl/10.2.4.032
保存退出

source /etc/bash.bashrc

并行器变量按照注5的设置,之后一路安装即可。

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