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专业化学。爱好文学。同时还喜欢美术、摄影、哲学、经济学、新闻传播学和计算机。目前乐器小提琴,最想学的乐器是钢琴。对ACG有爱。

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AmberTools 1.5 released  

2011-04-18 15:28:38|  分类: Computer |  标签: |举报 |字号 订阅

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Home Page: http://ambermd.org/

AmberTools consists of several independently developed packages that work well by themselves, and with Amber itself. The suite can also be used to carry out complete (non-periodic) molecular dynamics simulations (using NAB), with generalized Born solvent models. New to version 1.5 are:
  • MMPBSA.py, a much-expanded program for energetic analyses of trajectories
  • amberlite, a simplified interface for mm-pbsa analyses of protein-ligand interactions
  • MCPB, a platform for developing parameters for active sites of metalloproteins
  • cpptraj, an expanded trajectory analysis program
  • mdgx, a coding platform for explicit-solvent MD simulations
  • updates to GAFF (general Amber force field) and to the RNA force fields

增强了MMPBSA.py,添加了amberlite、MCPB、cpptraj和mdgx模块,升级了GAFF和RNA力场
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