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专业化学。爱好文学。同时还喜欢美术、摄影、哲学、经济学、新闻传播学和计算机。目前乐器小提琴,最想学的乐器是钢琴。对ACG有爱。

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Gaussian03在集群计算中出现Cannot allocate memory错误的解决办法  

2011-08-04 21:42:28|  分类: Computer |  标签: |举报 |字号 订阅

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前阵子实验室的服务器搬了个地方,重新装上之后使用Torque作业调度系统提交Gaussian03作业的时候总是会莫名其妙地断掉,无法进行计算。查看Torque的错误信息以及高斯03的log文件,发现以下信息:
buffer allocation failed in ntrext1.: Cannot allocate memory
NtrErr Called from FileIO
上网查了一下,这个错误应该是Gaussian03版本的一个bug,常出现在作业调度系统中,原因似乎与磁盘读写有关。参考这个帖子,得到以下解决方案:
1.修改输入文件中%chk这一行。比如原输入文件的这一行为
%chk=test.chk
则将其改为
%chk=/tmp/test.chk
即加上你Gaussian临时文件夹的绝对路径
2.修改Torque的脚本文件(pbs文件)。比如原脚本文件为
#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -j oe
#PBS -q test_queue
export PATH=/home/soft/g03:$PATH
export g03root=/home/soft/g03
export GAUSS_EXEDIR=$g03root
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
export LD_LIBRARY_PATH=$g03root/:$LD_LIBRARY_PATH
cd $HOME
g03 test.gau
则在其最后加上这两行
cp /tmp/test.chk $PBS_O_WORKDIR
rm /tmp/*
这两行表示将tmp文件夹内的test.chk拷贝回当前工作目录下,并清空tmp文件夹。
最后完整的脚本文件如下:
#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -j oe
#PBS -q test_queue
export PATH=/home/soft/g03:$PATH
export g03root=/home/soft/g03
export GAUSS_EXEDIR=$g03root
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
export LD_LIBRARY_PATH=$g03root/:$LD_LIBRARY_PATH
cd $HOME
g03 test.gau
cp /tmp/test.chk $PBS_O_WORKDIR
rm /tmp/*
目前按此方法运行,尚未发现问题
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