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专业化学。爱好文学。同时还喜欢美术、摄影、哲学、经济学、新闻传播学和计算机。目前乐器小提琴,最想学的乐器是钢琴。对ACG有爱。

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Amber12及AmberTools12发布  

2012-04-05 22:53:36|  分类: Computer |  标签: |举报 |字号 订阅

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Amber是一款分子动力学模拟软件(同时也是著名的力场=w=),今天该软件发布了最新版本Amber12。同时,AmberTools也发布了新版本AmberTools12,此前的版本号为1.5。

新版本的主要改进有:(渣翻译,请轻拍)
*新的蛋白质力场ff12SB,以及全新的模块化Lipid11力场(用Amber做膜蛋白模拟的可以省不少事了吧(时代的眼泪……
*增加PB溶剂化计算的扩展选项,包括膜系统和周期系统模型
*增强的3D-RISM积分方程模型
*改良的self-guided Langevin dynamics和accelerated molecular dynamics
*更加简单的安装,支持自动升级打补丁
*可以使用D轨道进行半经验量化计算,允许使用哈密顿量如AM1/d和PM6
*QM/MM计算可以与多种外部量化程序对接,扩展了量化模型的类型
*更多SANDER的功能被移植到了PMEMD(CPU和GPU版本),包括Temperature Replica Exchange, Isotropic Periodic Sum, Accelerated Molecular Dynamics等,支持基于NMRopt的各种谐波抑制
*扩展了自由能计算的方法
*允许使用电子密度图作为限制条件,在模拟中支持刚性(或部分柔性)Group

AmberTools12也可以配合Amber10或者Amber11使用。
安装时不要删除之前安装的Amber版本,将AmberTools12解压到amber12文件夹之后,设置$AMBERHOME环境变量为新的amber12文件夹,安装完成之后再把原来的Amber10或者Amber11的bin文件夹加到环境变量的$PATH即可

Amber主页地址:http://ambermd.org/

要是能搞到这个版本就再装一次吧。大概是毕业之前最后一次折腾这玩意儿了吧,好想试试GPU版本的PMEMD呢=w=
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